Il pianoro dove, nei tempi antichi, sorgeva la città di Juvanum venne scelto, intorno al XII secolo, dai monaci cistercensi per edificarvi un monastero, con attigua chiesa, che prese il nome di Santa Maria del Palazzo.
La scelta del posto per l’edificazione della badia è da attribuire oltre che alla solitudine del luogo, adatta alla vita ascetica dei cistercensi, soprattutto per la presenza dei resti dell’antica città che vennero utilizzati per la costruzione dei due edifici. Michele Torcia, che nel 1792 trovò ancora in piedi la chiesa, riferisce, infatti, che: “molti pezzi di colonne…erano stati col resto dei capitelli distratti per la fabbrica dell’ospizio dei monaci” e che le “pietre riquadre di quattro e sei piedi di lunghezza servirono all’erezione della chiesa e molti frammenti di lapidi servirono di pavimento alla medesima” .
E’ ignota la data della sua fondazione. Antonio Ludovico Antinori, nei suoi “Manoscritti”, ipotizza che la fondazione della Badia, avvenuta attorno al 1140, sia dovuta a Rainaldo Borrello, vassallo del Conte Simone di Sangro, oppure al Conte stesso. La prima menzione del monastero è, comunque, del 1173 quando, in una bolla del papa Alessandro III, viene annoverato come appartenente alla Diocesi teatina (in essa si legge, infatti “…in civitate Luparella pleben Sancti Petri cum pertinentiis suis … monasterium Sanctae Mariae in Palatio …”).